To, jak (ne)snadné bylo danou látku najít, určuje pak hodnota Ct, tedy „cycle threshold“. Ta říká, kolik cyklů se v rámci testu uskutečnilo, než se hledaný kousek (třeba virová RNA) našel.

V případě infekce virem SARS-CoV-2 se v praxi naměřené Ct hodnoty pohybují zhruba v rozmezí deset až zhruba 40. Intuitivně se zdá rozdíl v hodnotách malý, ale ve skutečnosti je ohromný. Jde totiž o jeden z mnoha případů exponenciálního růstu. Ct hodnota deset by znamenala, že počet hledaných kousků v původním vzorku by se měl zvýšit zhruba tisíckrát. Pokud cyklů uděláme například 30, původní množství hledané látky by se v ideálním případě mělo zvýšit více než miliardakrát. A pokud byste udělali třeba 40 cyklů z jednoho úlomku virové RNA, mohli byste ve vzorku mít 1,1 bilionu kopií.

Rozdíl již Ct deset a 30 je tedy extrémní. „Desítka“ znamená, že virová infekce se rozběhla velmi úspěšně a dotyčný velmi pravděpodobně bude velmi infekční, byť nutně nemusí mít vážný průběh nemoci.

Pozitivně testovaní s Ct větším než 30 už aktivní virus v těle nejspíše nemají. V jejich případě jde spíše jen o úlomky RNA, které zbyly z imunitním systémem zničených částeček viru. Nebo je možné, že jsou na samém začátku infekce, kdy se virus teprve začíná v těle množit. To ovšem PCR test bohužel nedokáže rozlišit a musí se počkat na další vývoj situace.