Fljorov si jako mladý fyzik všiml, že v zahraničním odborném tisku podezřele chybí články z jaderné fyziky. Měl pocit, že špičky sovětské fyziky ho neposlouchají, a tak dokonce napsal dopis Stalinovi. Nevíme, zda ten dopis vůbec viděl. Ovšem projekt sovětské atomové bomby i tak (v první řadě díky dobré špionážní síti na Západě) v posledních válečných letech dostal absolutní prioritu.

Dohlížel na něj šéf NKVD Lavrentij Berija. Když v roce 1949 projekt skončil úspěšně, sovětská atomová bomba vybuchla v kazašské stepi a vědci se na něm podílející byli oceněni. Fljorov dostal Leninův řád, tedy druhým nejvyšším státním vyznamenání. Což podle obecně rozšířeného názoru zřejmě znamenalo, že by ho v případě neúspěchu čekalo doživotní vyhnanství.

„Berija měl podle Fljorova údajně připravené seznamy s rozpisem: ti nahoře ve vedení projektu měli dostat trest smrti, ti pod ním doživotí na Sibiři, další pak 15 let a tak dále,“ řekl autorovi při návštěvě před zhruba 10 lety tehdejší viceředitel laboratoře Jaderných reakcí Andrej Popeko, svého času poslední Fljorovův doktorand. Po úspěchu se celá situace jenom obrátila: ti, kdo měli dostat trest smrti, dostali nejvyšší státní vyznamenání (Hrdinu Sovětského svazu). Ti, co měli dostat doživotí, dostali druhé nejvyšší vyznamenání, tedy Leninův řád.

Příběh nemá v zatím zveřejněných a prozkoumaných dokumentech, ale jde minimálně o velmi rozšířenou „moderní legendu“, kterou velmi podobně líčili i jiní doboví svědci. Od svých ruských kolegů ji slyšel například i novinář a publicista Karel Pacner.