Na počátku byly jak „otevřený“ Netscape, tak i nový Internet Explorer poháněny týmž motorem, jádrem z původního Mosaiku. Ale s každou další verzí se od něj MSIE odchyloval a s každou hlubší integrací prohlížeče do systému Windows se vzdaloval základním konceptům, na kterých celý internet stojí. Od verze IE4 z roku 1997 vzal Microsoft definování webových standardů do vlastních rukou a moc nehleděl na to, co dělá zbytek světa.

Microsoft rozšiřoval webový prohlížeč (včetně jeho jádra) po svém. Ve Windows 98 přibyl tzv. aktivní desktop, který umožňoval dynamicky zobrazovat webový obsah přímo na ploše počítače. Do prohlížeče byl integrován e-mailový klient Outlook Express a jádro bylo rozšířeno o spoustu nových technologií, včetně množství funkcí vyrobených speciálně pro úzkou spolupráci se systémem Windows.

Toto období je v kronikách internetu známo jako tzv. „Války prohlížečů“. Microsoft silou svého téměř-monopolu vytlačoval ostatní výrobce prohlížečů. Současně do jisté míry odmítal dodržovat standardy doporučované internetovou komunitou a definoval si spoustu „standardů“ vlastních.

Dlužno podotknout, že mnoho z nich – právě kvůli tehdejší totální dominanci MSIE – se podařilo prosadit a přizpůsobily se jim i všechny ostatní prohlížeče. V roce 2001 rozepře vyvrcholily antimonopolní žalobou a slavným sporem „USA vs Microsoft“. Společnost byla obviněna z toho, že zneužívá svého dominantního postavení na trhu a mj. smluvně zavazuje výrobce počítačů, aby je dodávali s předinstalovanými Windows a potažmo i Internet Explorerem, který se už stal natolik nedílnou součástí Windows, že bylo téměř nemožné jej odinstalovat.

Tím měl poškozovat ostatní výrobce prohlížečů, především Netscape. Microsoftu hrozila dokonce povinnost rozdělit se na dvě firmy. Měsíce trvající soud ale nakonec ustál a uzavřel smírnou dohodou.