PDF je také možné doplnit o formulářové prvky nebo jeho obsah zamknout (šifrovat), což má opět své výhody ve specifických situacích.

Na druhou stranu, PDF se zdaleka nehodí pro všechny případy. Kdykoli předpokládáte, že se s dokumentem bude nadále pracovat, raději zvolte formát, který půjde lépe editovat. Přestože technicky vzato je možné soubory PDF upravovat, v praxi je to u složitějších dokumentů nevýhodné a nepraktické.

Dokument PDF je také nevhodný pro ukládání strukturovaných dat, tabulek nebo čistého textu, který je určen k další analýze. V takovém případě zvolte formát CSV, TSV, XML nebo XLSX.